院长办公室作为医院机关的办事机构，具有服务性、辅助性、事务性、综合性、机密性 、政策性等工作性质，下设应急办公室、温江院区综合管理办公室、院办综合科、档案科。

主要职责为：组织传达党和政府的方针、政策、上级的有关指示、规定和医院的决定、决议、重要通报、通知等，负责督促、检查执行情况并催办落实；负责院领导协调、机关发文、办公会安排、印信管理等服务工作。