先心病亚专业组病区设置在16护理单元（第一住院大楼12楼A区）。先心病亚专业组下设两个医疗组，诊疗疾病全面覆盖亚专业疾病谱，诊疗对象从新生儿到超高龄病人。目前常规开展以下诊疗项目：1）各类型婴幼儿-成人的复杂、简单先天性心脏病的诊断、药物治疗及介入治疗（如经皮房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭的介入封堵术；经皮肺动脉瓣狭窄球囊扩张术；体肺侧枝栓堵术等）；2）各种常见肺血管疾病（如肺栓塞、肺血栓等）及罕见肺血管疾病（如肺动静脉瘘、肺动脉分支狭窄、肺动脉炎等）的介入诊疗；3）各种肺动脉高压的介入诊疗；4）心脏穿孔、破裂的介入诊疗；5）经皮主动脉缩窄的介入诊疗；6）心血管异物介入取出；7）心肌活检术。上述常规介入诊疗技术水平突出，完成质量高，成功率高，并发症低。

先心病亚专业组建立了四川大学华西医院小儿复杂先心病介入诊疗的基础，在国内及省内领先开展多项新技术和挑战、危重症的手术。除开展上述常规诊疗外，还与心脏外科长期联合开展复杂先天性心脏疾病的诊断、介入治疗及杂交手术治疗。针对复杂先心和结构性心脏病患者，设计、创新了一系列的介入术式及杂交手术治疗方案，取得了良好效果。