新生儿外科主要收治6个月以下新生儿和小婴儿的外科病人，主要领域为各类消化道畸形和腹部外科危重症。我院新生儿外科是国内早期成功实施先天性食道闭锁手术治疗的医学中心之一。目前开展了食管闭锁，先天性膈疝，幽门肥厚性狭窄、先天性肛门直肠畸形、先天性巨结肠、胆道闭锁及胆总管囊肿、先天性腹壁畸形等多种先天性疾病的手术治疗，疗效满意；同时进行PICC及新生儿静脉营养支持治疗，并稳步开展新生儿腹腔镜手术；与妇产科、新生儿内科配合开展先天性畸形产前诊断、产前咨询及产后治疗等多学科系统治疗。近年来新生儿外科收治极早产，极低体重初生儿的数量逐渐增加，外科治疗效果局全国先进水平。