华西医院眼科角膜眼表病的临床和基础研究工作得到全国同行的认可，是中华医学会眼科分会角膜病学组委员单位。本专业从上个世纪六十年代开始进行角膜移植，在器官采集、保存、以及手术技术上逐步形成体系，可以开展穿透、板层、板层联合穿透，以及角膜移植联合眼内手术等多种角膜移植手术方式。目前在角膜及眼表疾病的诊断和治疗，特别是感染性角膜疾病的诊断水平和早期角膜移植的治疗效果、治疗数量均处于全国先进水平和西南领先水平。先后获得多项国家和部省级科研课题，就有关病毒性角膜炎、角膜生物力学、角膜神经损伤与修复和干眼等基础研究达到了国内先进水平。同时，本专业从1994年10月开始进行近视眼激光治疗的临床工作，近视眼激光手术的临床和基础研究处于全国先进、西南地区领先水平，是本地区屈光手术的开拓者和引领者，可以开展各类角膜屈光手术和眼内屈光手术。在全飞秒Smile技术的推广、改良单眼视治疗老视、SBK技术临床运用、表层手术安全性评价等方面具有临床特色，其手术效果和安全性均处于全国先进水平。