国家重点学科7个：呼吸系病学、普通外科学、外科学（胸心外科）、外科学（骨科）、内科学（消化系病）、肿瘤学、影像医学与核医学。

国家重点（培育）学科2个：精神病与精神卫生学、麻醉学。

内科学（呼吸系病）2002年获批教育部国家重点学科，2012年获批卫生部国家临床重点专科，该学科以慢性阻塞性肺疾病与哮喘、肺癌、睡眠呼吸障碍发病机制及防治研究以及呼吸治疗领域为特色，是我国西南地区最早的硕士、博士点和博士后流动站。学科带头人李为民教授在肺癌防治领域、文富强教授和刘春涛教授在慢性气道炎症领域、梁宗安教授在呼吸治疗与呼吸道传染性疾病领域、唐向东教授在睡眠呼吸领域做出了突出贡献。

外科学（普外科）2002年获批教育部国家重点学科，被列入国家“211工程”重点学科建设项目，2012年获批卫生部国家临床重点专科，曾获国家科技进步二等奖，四川省科技进步一等奖等奖励，具有特色优势的研究方向：活体肝移植、肝包虫病自体肝移植等，在国际率先开展尸肝+活体合成肝移植，学术带头人严律南教授；急性重症胰腺炎的中西医结合治疗研究，首创了SAP整合一体化诊疗新模式，达国际先进水平，学术带头人张肇达教授；直肠癌区域微转移与微创保肛术式的研究，制定了我国第一个微创外科结直肠肿瘤规范化手术标准，学术带头人周总光教授。在传统优势基础上，大力推进微创化和快速康复新模式，开创了腹腔镜微创供肝切取、联合血管重建的腹腔镜胰十二指肠切除、达芬奇机器人辅助肝门胆管癌根治合并胰腺头切除术等国内外领先手术。

外科学（心脏及大血管外科） 2007年获批教育部国家重点学科，2011年获批卫生部国家临床重点专科。该学科在婴幼儿及成人复杂心脏及大血管疾病、微创外科治疗和研究方面取得突出成绩。成功开展了心脏移植、风心病各种瓣膜置换、大血管疾病腔内治疗、经心尖穿刺微创主动脉瓣膜置换（TAVR）等数十种国际领先的医疗技术，多种术式为国际首创。石应康教授曾任中华医师协会副会长，中华医学会副会长，中华医学会胸心血管外科学分会主任委员。

外科学（胸外科）由我国著名胸心外科专家杨振华教授创建于1954年，1978年成为硕士学位授权点、1994年获批博士学位授权点、2007年获批教育部国家重点学科、2013年获批卫生部国家临床重点专科，该学科在肺、食管、纵隔疾病及胸部创伤的外科、微创外科治疗和研究方面取得突出成绩。率先在国内开展全腔镜肺癌切除术，首创单向式胸腔镜肺癌切除术、无抓持整块纵隔淋巴结清扫术、胸腔镜吸引-侧压止血术等多项微创肺外科新技术，显示创新手术方式可以提高肺癌患者生存预后，并在全球率先开展和报道了胸腔镜支气管肺动脉双袖式成形中央型肺癌切除术，此外还开发了食管胃分层吻合技术，上述多项技术在国内被广泛应用；该学科还成功开展了肺移植、肺癌及纵隔肿瘤患者上腔静脉置换+部分心房切除、充气纵隔镜食管癌切除术等数十种国际领先的医疗技术。学科带头人刘伦旭教授任中国医师协会胸外科医师分会副会长、中华医学会胸心血管外科学分会副主任委员、英国皇家外科学院fellow（FRCS)、美国胸外科学会会士、欧洲胸外科协会理事会委员等；陈龙奇教授任国际食管疾病学会执行委员，并参与制订了国际食管癌TNM分期第七版及第八版。

外科学（骨科） 2007年获批教育部国家重点学科，2010年获批卫生部国家临床重点专科。2018年（2017年度）中国医院科技量值排名第四。骨科附设中国西部关节重建外科中心、西部关节病诊治中心、西部脊柱外科中心、西部创伤骨科中心与西部骨与软组织肿瘤诊治中心。该学科在临床医疗中分6个亚专业方向，包括：关节外科、脊柱外科、创伤骨科、运动医学、骨肿瘤和足踝外科。在中华医学会骨科分会、中国医师协会骨科医师分会、中华医学会运动医学分会、中华护理学会分别担任主任委员、副主任委员、常委等职务。在骨科手术加速康复、复杂髋膝关节置换与翻修、颈椎间盘置换、脊柱畸形矫正、复杂创伤急救与功能重建、骨肿瘤保肢及个性化定制假体、膝关节脱位重建、复杂足踝创伤与畸形矫正、骨与肌腱组织工程、神经损伤修复、脊髓损伤修复、骨质疏松防治等研究领域取得了一批具有国际、国内先进水平的基础与临床研究成果。获教育部科技进步一等奖、卫生部科技进步三等奖，省科技进步一、二、三等奖十余项。

内科学（消化系病） 2007年获批教育部国家重点学科，2010年获批卫生部国家临床重点专科。本学科位居2018年度中国医院科技量值排名第三。在消化系疾病的临床诊治、基础和临床研究均处于国内先进水平，所属的消化内镜中心为卫生部指定的全国培训基地。消化内镜、消化介入技术达国际先进水平。

肿瘤学 2007年获批教育部国家重点学科，2013年获批卫生部国家临床重点专科。经过50多年的发展，已成为国内一流的肿瘤诊疗中心，包括头颈乳腺肿瘤科、胸部肿瘤科、腹部肿瘤科、放疗科（含放射物理技术中心）、生物治疗科，集合化疗、放疗、生物免疫治疗和介入治疗等多学科综合手段服务病人。学科依托生物治疗国家重点实验室，致力于肿瘤的基础、转化以及临床的研究。

影像医学与核医学 2007年获批教育部国家重点学科，2013年获批卫生部国家临床重点专科，该学科覆盖的放射科是国内最主要的影像医学专业人才培养基地之一，在临床精神影像的研究与应用方面处于国际引领地位。代表性工作“磁共振影像学分析及其对重大精神疾病脑机制的研究”、“精神影像技术的基础与临床应用研究”和 “精神影像学的临床基础与应用研究”分别获国家自然科学奖二等奖（2015）、中华医学科技奖一等奖（2017）和华夏医学科技奖（2018）。核医学科我国最早的核医学专科之一，主张并致力于核医学技术的临床检查和治疗实践，学科带头人谭天秩教授、匡安仁教授先后任中华医学会核医学分会主任委员；在核素治疗的基础与临床研究方面全国领先，在甲亢、甲癌和骨肿瘤的核素治疗独具特色，所建立的一整套疗效极佳的治疗方案已载入卫生部颁布的“核医学临床技术操作规范”在全国施行。超声科拥有世界先进的超声诊断设备，超声医疗水平处于国内先进水平；教育方面构建了国际上最全面的超声教育体系，包括超声临床专业研究生培养、超声技师的本科及研究生教育、超声住院医师培训、超声技师规范化培训、超声医学继续教育，率先在国内实践和推行超声医技一体工作模式；超声的临床和基础研究方面部分领域处于国内先进水平。此外，协同麻醉科开展的可视化麻醉处于世界先进水平。

精神病学 2007年获批教育部国家重点学科，2011年获批卫生部国家临床重点专科。该学科是我国精神医学发源地之一，经过几代人的不懈努力，奠定了华西精神医学在国内领先的学术地位，以一流的医疗质量和学科声誉享誉国内外。在全国率先建立精神障碍病房全开放模式和医疗-心理双轨制三级查房模式，首创综合医院非精神专科患者精神卫生服务“阳光医院”模式。刘昌永教授曾主编我国第一部统编教材《精神病学》（第1、2版），刘协和教授因对我国《精神卫生法》的杰出贡献获2013年中国年度法治人物。

麻醉学  麻醉科于1978年正式成立。2007年获批教育部国家重点学科，2010年获批卫生部国家临床重点专科，是当代中国住院医师规范化培训制度的发源地。该学科医疗水平世界领先，麻醉意外死亡率小于1/30万。引领中国可视化麻醉的发展，在世界创新多项可视化麻醉技术。科研方面，该学科牵头开展的“吸入式麻醉的研究”获得2004年国家科技进步奖二等奖；研发麻醉新药的化合物专利约占全国的1/5，并获得国家科技重大专项“重大新药创制”自设立以来第一个“神经精神类药物重大新药创制”。2018年，"老年围术期风险分级及差异化管理技术方案研究"获科技部国家重点研发计划资助。华西围手术期输血评分的研究在节约围术期临床用血方面取得重大突破；在老年脑电监测和近远期死亡率、麻醉方式对心脏手术患者预后影响的全国多中心研究正在进行中。学科声誉和综合实力在中国医院最佳专科排行榜连续9年名列全国第一。