我院从1978年恢复研究生培养，1991年经国家人事部和全国博士后管理委员会批准，设临床医学博士后流动站。截至2015年，国务院学位委员会先后批准我院临床医学、护理学、中西医结合3个一级学科博士学位授权，33个博士学位授权点，35个硕士学位授权点，4个跨学科博士、硕士学位培养点；博士研究生导师275名，硕士研究生导师325名；现每年招收博士研究生约200名，硕士研究生400余名。
1996届博士研究生授位典礼
博士研究生毕业合影
国批博点、博导1981—1993年，国务院学位委员会先后五批批准我院19个博士学位授权点和32名博士生导师，这在同期四川高校和全国医学院校中是较多的。
批次
年份
博士学位授权点
博士生导师
第一批
1981年
病理解剖学、外科学
吴和光（外科学普外）、陈钦材（病理学）
第二批
1984年
眼科学、传染病学
方谦逊（眼科学）、曹钟樑（传染病学）
第三批
1986年
医学遗传学、妇产科学、儿科学、耳鼻咽喉科学
邓显昭（外科学泌外）、林代诚（耳鼻咽喉科学）、唐泽媛（儿科学）、罗成仁（眼科学）、杨光华（病理学）、肖路加（外科学普外）、高立达（外科学神外）、曹泽毅（妇产科学）、张思仲（医学遗传学）
第四批
1990年
内科学（呼吸系病）、精神病学与精神卫生学
王世阆（妇产科学）、刘协和（精神病学与精神卫生学）、胡廷泽（外科学普外）、严密（眼科学）、唐孝达（外科学泌外）、陈文彬（内科学呼吸）、廖清奎（儿科学）、付继梁（医学遗传学）
第五批
1993年
内科学（内分泌与代谢病）、核医学、外科学（骨科）、外科学（胸心外）、影像医学
谭天秩（核医学）、闵鹏秋（影像医学）、王增礼（内科学呼吸）、黄明生（精神病学与精神卫生学）、雷秉钧（传染病学）、李秀钧（内科学内分泌）、杨宇如（外科学泌外）、彭芝兰（妇产科学）、沈文律（外科学普外）、杨志明（外科学骨科）、石应康（外科学胸心外）
博士生导师合影
杨光华教授与研究生交流
全国百篇优秀博士论文 1999年开始，教育部和国务院学位委员会每年进行一次 “全国优秀博士学位论文评选”（因数量不超过100篇，简称“全国百篇”），并以此作为评价我国研究生教育特别是博士生教育质量的一项标志性指标。截至2015年，我院共有三篇博士论文获评。
2007年，博士研究生王存所著《直肠癌系膜区域转移与微转移的研究》获评全国百篇优秀博士论文
论文题目
作者
导师
时间
直肠癌系膜区域转移与微转移的研究
王存
周总光
2007年
人子宫内膜癌比较蛋白质组学研究及癌相关蛋白Cyclophilin A的表达与功能验证
李征宇
赵霞
2009年
HDAC1/2在少突胶质细胞分化发育中的作用和机制研究
叶丰
步宏
2013年
