三十多年来在生物信息学领域进行了系统的研究，曾参加我国第一个完整基因组泉生热袍菌B4基因组序列的组装和基因标识，曾参加人类基因组1%和水稻基因组工作草图的研究。近十几年主要从事非编码RNA的系统发现与功能研究。共发表SCI收录的学术论文350余篇。是我国最早从事理论生物学和生物信息学研究的科研人员之一，一直从事数理科学与生物学的交叉研究，是我国以基因组为研究对象进行生物信息学研究的先行者。