建立了一系列有一定国际影响的数据库，如AnimalTFDB、hTFtarget、miRNASNP、EVmiRNA和TCRdb等。开发了转录因子和miRNA在复杂疾病中的共调控方法FFLtool，癌症基因集分析平台GSCA和免疫细胞丰度预测方法ImmuCellAI等。建立基于血小板表达的卵巢癌诊断和预后的人工智能模型TEPOC和DeepCox等，发现细胞外囊泡在肿瘤发生、进展、治疗及抗衰老中的作用和机制。开发了肿瘤免疫治疗联合用药的通用预测方法CM-Drug，发现多个免疫治疗联用药物并验证了taltirelin在黑色素瘤中提高anti-PD1治疗疗效的机制。在Nature Immunology、Science Translational Medicine、Advanced Science、Cancer Research、Nature Communications、Nucleic Acids Research、Briefings in Bioinformatics等期刊发表论文100余篇，总引用15000多次，包括多篇ESI高被引论文或热点论文。