华西医院中西医结合科成立于1956年。现为国家中医药管理局优秀重点学科、卫健委国家临床重点专科(中医外科)、人社部博士后科研流动站、中西医结合一级学科博士学位授权点、国家区域中医专科诊疗中心(中医外科)、国家中医药管理局重点专科（中医肺病）、国家药品（中药）临床研究基地、全国综合医院中医药工作示范单位、四川省急性胰腺炎中西医结合防治中心、四川省中医药管理局重点专科（中医肛肠）。在教育部一级学科评估中名列全国前茅。

中西医结合科现有在职医师60人，护理人员112人。其中高级职称人员30人，博导5人，四川省名中医8人。现有编制床位218张，其中主院区113张，上锦分院105张。设中西医结合消化、呼吸、针灸、肛肠、肿瘤5个临床亚专业。门诊诊室治疗室15间。为全国西医院校附属医院规模最大的中医临床科室，以显著的中西医结合特色临床和优势而享有盛誉。

中西医结合消化方向主要进行重症急性胰腺炎及肠梗阻的治疗。创新性地提出了能系统概括重症急性胰腺炎病机演变规律和证候类型的“热病理论”及其指导下的“益活清下”疗法，采取针药结合、中药内服与外敷共用、口服与灌肠同施的多种中医药特色治疗手段，结合西医治疗技术和学术进展，形成了完善的中西医结合综合治疗方案。是国家“三部委”重大疑难疾病中西医协作全国牵头单位。每年收治急性胰腺炎患者超过2000例，是全球规模最大的治疗中心，疗效居国际领先水平，是公认的中医药治疗危急重症的典范。多次获得省部级科技进步一、二等奖。与英国、美国、新西兰等胰腺病学国际一流中心开展广泛深度的国际合作。

中西医结合呼吸方向针对慢性阻塞性肺疾病（COPD）、哮喘创新性地提出中西医结合防治的理论及方法，建立了综合防治的中医药新思路，弥补了西医治疗手段单一的不足，大幅降低了肺心病、肺性脑病的病死率。每年收治COPD及哮喘患者800余例。获得四川省科技进步一等奖等四个省部级奖项。

针灸治疗广泛应用于临床各科，尤其在脑血管病与外科围手术期并发症诊治方面疗效优势明显，每年诊治患者10万余人次。并开设瘫症、中医骨伤、减肥3个针灸专科门诊。

中西医结合肛肠以“微创、无痛、优效”为理念，独创“分段整形切除治疗环状混合痔”和“切除挂线、断端肌肉固定缝合治疗高位复杂性肛瘘”等国内领先的治疗痔瘘的手术方式。每年手术患者超2000例。

针对恶性肿瘤提出中西医结合分期治疗方案，采用“清热解毒”、“活血化瘀”、“化痰散结”、“健脾扶正”、“益气温阳”、“扶正固本”等治疗法则，减少患者痛苦、提高了生活质量，延长了患者的生存期。研制出多个中药复方并获得国家专利证书。

中西医结合科以“传承精华，守正创新”的精神为指导，遵循中医药发展规律，坚持中西医并重，以“学贯中西、结合创新”为科训、恪守“医乃仁术”之宗旨，竭诚为患者提供优质高效的医疗护理服务。

现成立中西医结合中心，下设胰腺炎中心、中西医结合内科、中西医结合外科。