尼泊尔医院服务的历史始于1889年比尔医院的建立，比尔医院（Bir Hospital，尼泊尔历史最为悠久，规模最为宏大的医院）是目前为尼泊尔人民提供一般护理和三级护理历史最悠久的医院。比尔医院是全国第一家培养配药师、外科手术助手和护士的教学医院。1933年，比尔医院建立了尼泊尔第一所医学院——“人民医学院(Civil Medical School)”。自1987年以来，它也是英国皇家外科医师学会会员(FRCS， Fellow of Royal College of Surgeons)， 皇家内科医师学会会员（MRCP， Member of the Royal College of Physicians) 和英国皇家妇产科医学院会员（MRCOG， Member of the Royal College of Obstetricians and Gynaecologist）的培训中心。因此，比尔医院一直是一个名副其实的研究生培训中心。1979年。比尔医院增加了超专科医疗服务。

尼泊尔现代医学教育始于公元1889年比尔医院的诞生。虽然内外全科医学士计划于1978年被医学研究机构所引入，但最初由于他们没有自己的教学医院，临床教学活动集中在比尔和其他有条件的医院。在特里布万大学（Tribhuvan University，尼泊尔五所高等学校之一）的支持下，自1994年起，通过研究生医学教育协调委员会在比尔医院和其他有条件的医院开始研究生教育。

基于既往经验和实际国情，比尔医院于2002年，也就是其辉煌的第114年，发展成为了尼泊尔医学科学院。这是医学教育和卫生服务领域的又一里程碑式的成就，为卫生部下属的医生提供了极大的希望和丰富的教学机会。过去的12年里，尼泊尔医学科学院及其13家附属医院迅速发展。在这段时间里，尼泊尔医学科学院不断丰富，开发了33门医学博士/医学硕士/牙科硕士/医学博士后/外科学硕士毕业后课程和两个级别的护理教育。研究生课程的年招生人数从46人增加到93人。尼泊尔医学科学院目前正在运行医学博士/ 医学硕士/牙科硕士基础专家培训的研究生课程和医学博士后/外科学硕士高级专家培训计划的不同课程。