2009年，我院在2005级八年制中推行了“系统整合临床课程”，加强了临床内、外科的教学交流与合作，精简大课讲授，加强床旁学习、临床思维和技能训练，确定了器官系统教学负责人，组织编写各器官系统的讲义、教材，并获得了如何跨学科组织、实施整合式教学的运作经验，师生的教学反馈情况良好，基本达到了课程设计的预期目标。
        从本学期开学起，在学院的组织与推动下，相关科室积极配合，进一步优化课程改革方案，将分以下几个步骤持续深入地推进以器官系统为基础的综合课程改革。
        首先，进一步优化八年制“系统整合临床课程”方案，加强对整合课程的考核评估。首先针对学生的反馈意见，加强集体备课，将物理意义的“拼合”逐步转变为化学意义的“融合”；无论是学生的考评还是对教学的评估，都将分系统模块进行，落实教学改革与管理的责任，将相关内、外科作为一个整体来评估教学质量；另外，进一步对照最新版的国家执业医师考试大纲来修订教学内容，调整教学策略，逐步推行以学生为中心、以问题为基础的教学方法。
        其次，向其他专业推行系统整合教学。2010年秋季学期，将在临床医学专业五年制中取消内、外科学，按照器官系统进行教学；2011年春季学期，将在非临床医学专业中实施系统整合课程教学。至此，将在临床核心课程教学上形成三个层次，分别针对临床医学八年制、临床医学五年制、非临床医学专业不同的培养目标进行整合教学。目前，教务部正协同相关教研室、科室，制定具体的课程调整安排。
       再次，在八年制中试点“完全系统整合课程”。3月上旬，万学红副院长携相关职能部门负责人赴基础医学与法医学院，会商两院深度教学合作事宜，完全系统整合课程改革是其中的重要内容。两院初步达成一致，计划从本学期起探索和实施完全基于人体器官系统的医学课程，除了基础学科课程总论外，各基础学科分论，包括我院的病理学、影像诊断学、核医学等课程也将融入按照器官系统教学模块中。两院计划于年内完成课程设计，从2011级学生开始实施全新课程计划。