1987年11月，华西医科大学批准我院成立临床药理研究所、糖尿病和胰岛素研究室等15个研究所室。

1992年，我院糖尿病与胰岛素实验室、病毒性肝炎实验室获批华西医科大学校级重点实验室。

1995年，我院核医学研究室和感染性疾病分子生物学实验室获批为四川省重点实验室；1998年，疾病基因组学与法医学实验室获批为四川省重点实验室；1999年，肿瘤实验室获批为四川省重点实验室。

2018年9月由教育部正式批准立项的，全国7个前沿科学中心之一。该中心依托四川大学华西医院高质量医学大数据，同时依托四川大学优质的人工智能研究技术储备与人才队伍，开展基于临床患者动态诊疗数据与生物样本与生物信息、结合先进分析手段，重点开展恶性肿瘤、老年退行性疾病、自身免疫疾病等重大疾病发生发展的分子网络关系研究

2016年正式批准成立，是西南唯一的国家级老年疾病临床医学研究平台。中心依托四川大学华西医院，以多学科交叉为基础，立足于老年疾病防治前沿和社会重大需求，专注于抗衰老、衰弱与肌少症、长期照护、医养结合的解决方案研究与推广应用，致力于提升老年医学临床研究和疾病诊疗技术水平。

2015年9月，我院申请的“转化医学国家重大科技基础设施”正式获得国家发展改革委批准立项，这是国家“十二五”启动建设的五家转化医学国家重大科技基础设施之一，总投资约9亿元。该设施重点建设生物制剂筛选、制备、临床转化验证及支撑技术四大研究平台，构建转化医学基础到临床、多学科交叉、上下游结合的“创新条件链”。实现工程化、模块化、规模化、集成化、信息化与综合集成。

2013年4月11日，由教育部、财政部联合实施的 “2011计划”公示了首批认定名单，由我校牵头，清华大学、南开大学、北京协和医学院/中国医学科学院联合，魏于全院士领衔的生物治疗协同创新中心获批，成为2011计划中唯一的生命科学类项目。

1996年，在日本京都大学留学并获博士学位的魏于全回到医院，开始创建人类疾病生物治疗研究室。2002年，人类疾病生物治疗研究室获批成为第四批教育部重点实验室。2005年，科技部批准该实验室为“四川大学生物治疗国家重点实验室”；至此，我院实现了国家重点实验室“零的突破”。

“九五”期间，国家科委牵头6部委联合实施“1035工程”，即开发10个一类专利新药，支持建立5个新药筛选中心、5个药物安全性评价中心、5个药物临床试验研究中心。 1999年，医院申请建立中药安全性评价中心，并引进王莉开始筹建。2000年，经科技部批准立项；该中心定位为我国专门从事新药（中药）毒理学与药效学研究的国家级新药临床前试验研究中心，是我国“中药现代化研究及产业化开发”、“创新药物与中药现代化”等国家重大科技攻关计划的重点建设项目，也是国家中药现代化科技产业七大研发中心之一。 2003年，中心通过了科技部验收，被评价为“国内一流的新药安全性评价中心”。2004年，通过了国家食品药品监督管理局（CFDA）的检查评估，被授权准予开展药物非临床研究和试验；该中心被评审专家称为“申请最晚、投资最少、发展最快”的GLP。 2006年，中心通过美国NIH的OLAW（Office of Laboratory Animal Welfare）认证。2007年，中心“一次性全面通过AAALAC检查”。2014年，中心通过OECD（荷兰） GLP认证。同年，中心零缺陷通过CAP认证。2017年中心首次接受并顺利通过美国FDA检查。

1983年，医院成为我国首批药品临床研究基地。1998年，医院成为中药临床药理基地。至此，我院成为当时国内集西药和中药临床药理基地于一体的两家医疗机构之一，研究包括西医专业12个，中医专业2个。 2004年，医院在此基础成立GCP中心，申报“十五”攻关课题“药物创新与中药现代化关键技术平台建设”项目，获批成为科技部重点支持的9家开展药物临床试验的医疗机构之一。 截至2019年，我院GCP中心是国家食品药品监督管理局（CFDA）认证的规模最大、专业最为齐全的临床试验机构之一，研究范围涵盖其批准的23个药物临床试验专业，也是国家“肿瘤生物治疗新药临床评价研究技术平台”。承担的所有临床试验项目均一次性通过CFDA审评。